lendo o post do Igor Costa, parece que o uso dos modulos no Adobe Flex não é realmente tão eficiente assim e otimiza tanto quanto parece uma aplicação em Adobe Flex, mas não se desespere nada que um bom projeto e planejamento não resolva, bom e para geranciar recursos utilizados na tua aplicação olhe o Masapi
Leia o post do Igor Costa, que ele abordou o tema [link]